Компания Koei начала разрабатывать игру (тогда она называлась Oni) ещё в 2004-м году. Позже проект был заморожен, а затем перезапущен и передан Omega Force. Тогда авторы трудились над чем-то в духе Dynasty Warriors, но и этой версии не суждено было дожить до релиза. В 2010-м к процессу подключилась Team Ninja, чтобы довести до ума геймплей, в то время как члены первоначальной команды Koei занимались сценарием. К финальной концепции Nioh создатели пришли в 2012-м, а до магазинов игра добралась лишь в 2017-м году. Таким образом, она находилась в производстве около тринадцати лет.

Работая над сюжетом игры, авторы вдохновлялись романом американского писателя Джеймса Клавелла (James Clavell) «Сёгун» — книга повествует об англичанине, ставшем свидетелем восхождения нового сёгуната. Что до геймплея, то тут ориентирами послужили Dark Souls, Onimusha, Ninja Gaiden и hack and slash типа Diablo.

Первоначально, когда игра называлась Oni, авторы опирались на незаконченный сценарий к одноимённому фильму Акиры Куросавы (Akira Kurosawa). В итоге от идеи отказались ради оригинальной истории, но в Nioh остались кое-какие художественные элементы и боевые движения из других работ японского режиссёра.