По мнению разработчиков из Dennaton Games, вторая Hotline Miami подверглась слишком жестокой критике со стороны пользователей — дескать, первую часть тоже ругали, но более конструктивно и без столь яростного перехода на личности.

После выхода игры её авторы признали, что нормальный уровень сложности получился слишком тяжёлым. Издатель сиквела предупреждал о проблеме ещё до релиза, однако в Dennaton Games к нему не прислушались и впоследствии об этом пожалели. Разработчики рассчитывали на то, что вторую часть будут проходить игроки, знакомые с оригиналом, — именно поэтому сложность оказалась такой высокой. Ещё одна причина неудачного баланса сложности — движок GameMaker: из-за его особенностей ранняя версия Hotline Miami 2 работала в замедлении 50 % и в таком виде проходила через плей-тесты.

Изначально студия Dennaton хотела создать дополнение для первой Hotline Miami, но в конце концов решила не раздувать проект в движке GameMaker. Кроме того, переход к разработке сиквела позволил команде избежать технических ошибок и улучшить визуальную сторону игры.

В Австралии игру запретили из-за сцены, в которой герой, придя на съёмочную площадку, сначала убивает несколько человек, а потом насилует женщину. Разработчиков огорчило такое решение рейтинговой организации, и главный дизайнер Dennaton Games Джонатан Содерстрём (Jonatan Soderstrom) заявил, что не будет в обиде на тех, кто «спиратит» Hotline Miami 2, раз уж купить её нельзя.