До запуска Anniversary Edition существовал большой риск, что многие моды для Skyrim Special Edition окажутся несовместимы с новой версией, поскольку издания собраны на разных версиях компилятора: у более старого варианта RPG это Visual Studio 2015, а у юбилейного — Visual Studio 2019. Понимая, что пользовательские модификации — неотъемлемая часть «Скайрима», Bethesda заранее, до релиза Anniversary Edition, связалась с Extrwi — разработчиком инструментария для установки модов Skyrim Script Extender (SKSE) — и предоставила ему доступ к обновлённому изданию, чтобы энтузиаст успел подготовить SKSE к выходу новинки. По словам Extrwi, он полторы недели переделывал инструментарий и закончил работу над свежей версией всего за час до старта Anniversary Edition.