Продумывая мир игры, разработчики вдохновлялись двумя книгами. Первая, «Всеобщая история пиратства», послужила своеобразным историческим фундаментом, оттуда же Ubisoft позаимствовала манеру писать все существительные с прописной буквы, использовав её в субтитрах. Второе произведение — «Пиратская республика»: оно помогло создать виртуальный город Нассау, пристанище флибустьеров. Книга так сильно повлияла на девелоперов, что её автора, Колина Вударда (Colin Woodard), пригласили в команду, чтобы сделать Black Flag ещё достовернее.

Изначально авторы Black Flag собирались показать взросление Эдварда — на первых порах действие разворачивалось бы во времена, когда воды бороздили такие пираты, как Уильям Кидд (William Kidd) и Генри Эвери (Henry Avery), а главный герой был двенадцатилетним мальчуганом. Однако, поскольку эпизоды с юными Коннором и Эцио из предыдущих частей серии получили смешанные отзывы игроков и критиков, от идеи отказались.

На одном из этапов разработки авторы планировали ввести в игру миссию, действие которой разворачивалось бы во время последней битвы Мэри Рид и Энн Бонни, когда девушки были схвачены британцами. Однако создатели решили, что до этого эпизода пользователи и так проведут много времени в Нассау, и отказались от идеи.

Это первый результат перекрестной разработки в серии: игрой занималась отдельная команда разработчиков, не участвовавшая в создании AC3. Кроме того, это первая часть, сменившая протагониста, Дезмонда Майлса.

К играм часто выпускаются сопутствующие продукты. AC4 оказалась оригинальнее конкурентов — вместо книги или комикса была выпущена настоящая манга, которая публиковалась в журнале Jump X.

Как всегда, защитники природы сразу нашли, за что зацепиться: они обвинили разработчиков в пропаганде убийства китов. Ubisoft отнеслись к этому с юмором, сказав, что пропагандируют еще и пиратский образ жизни.