Будет ли работать аим в шутерах когда играешь на ПК с джойстика от Xbox?

Зависит от игры, на самом деле. Обычно в настройках есть галочка по типу «помощь в прицеливании», и её включение даёт эффект, который тебе нужен.
Если ты берёшь геймпад для игры в шутеры, лучше возьми Steam Controller.

Будет. Впрочем, это от игры зависит, а не от геймпада. На странице игры в Стим указано, поддерживает ли она игровой контроллер. Как правило, даже в играх, для которых указана частичная поддержка контроллера, всё работает нормально.
Что же касается непосредственно реализации помощи в прицеливании, то в разных играх она опять же разная. Где-то она реализована великолепно — Resident Evil 7: Biohazard, Destiny 2, Titanfall 2; где-то посредственно — Wolfenstein: The New Order; а где-то через одно место — Deus Ex: Human Revolution.

В большинстве игр есть такая опция.
Насколько я помню, FC3 как раз с геймпадом проходил и было удобно (помощь в прицеливании есть, мешающего лок он таргета нет).

Анонимный клуб мазохистов. =D