Поднявшись наверх через люк, Бэтмену станет совсем худо, вплоть до галлюцинаций. К счастью нас встречает Таллия, которая готова принять нас в свои ряды. Для этого нужно пройти испытания. Идем за бывшей подругой и пьем из чаши. Впереди виднеется большая ледяная глыба – летим до нее, используя пикирование, чтобы набрать высоту. Точно так же добираемся до следующей глыбы, на которой разбиваем двух песочных ниндзя. Пикируем в портал, который перенесет нас в другое место. Снова добираемся до ледяной глыбы, и так до самого портала. Теперь нужно найти самого Ра’cа. Поднимаемся наверх к Талии. Проходим с ней внутрь и встречаем ее отца. Пришло время сразиться с 600 летним стариком. Для начала разбираемся с его песочной армией. Далее, уворачиваясь от метательных звездочек и лезвий, стреляем в Ра’са электрозарядом. После наносим контрудар и повторяем операцию с электрозарядом. Делаем это до тех пор, пока старик не возьмет в заложники свою дочь, Талию. Выбираем обратный бэтаранг и спасаем беднягу.
Выбираемся обратно на улицы по обратному пути через метро. Обходим ворота по вентиляции и первым делом вырубаем бронированного клоуна. Разделываемся с остальными и взламываем консоль – «Отделение». Выбравшись под небо, отправляемся к похищенному мэру. Раскидав его похитителей, помогаем мэру подняться и похищаем его сами. Допросив подлеца, направляемся к Фризу, чтобы передать ему кровь Ра’са. Зелье лечения готово, но прежде чем его хлебнуть, Фриз требует вернуть ему его жену. Но, микстуру испить нужно сейчас же, поэтому вступаем в битву с ученым. Чтобы его победить, рукопашного боя недостаточно, нужно применять множество следующих атак: подрывание стен, использование электромагнита, использование электричества на разлитую лужу с водой, применение деструктора, использование тросомета, подкрадывание сзади, захват с уступа, заманивание под площадку и атака сверху, планирование сзади, атака снизу, прыжок через окно и прыжок сверху. Когда Фриз будет побежден, открываем сейф и обнаруживаем отсутствие лекарства. Нужно отобрать его у Джокера, Виктор в этом нам поможет.
Выбираемся на улицу через другой выход. Чтобы горячий пар не был для нас проблемой, затыкаем трубы ледяным ударом. Выйдя на улицу, видим падение вертолета с журналисткой на борту по имени Вики Вэйл. Направляемся к месту падения, избавляемся от снайперов и спасаем Вики. Теперь пора направится к Джокеру. Через старый вход, трубу, не попасть, из нее буквально вываливается пламя. Направляемся к другому входу, где обязательно избавляемся от охраны. Проникнув внутрь, избавляемся от трех клоунов и спрыгиваем к воде. С помощью ледяного удара создаем плот и плывем по течению, выруливая с помощью бэткогтя. Через вентиляцию проползаем чуть вперед и планируем на клоуна через окно. Проходим далее и, обезвредив двух допросчиков, не спасаем человека двуликого, т.к. тот вместо «спасибо» огреет сзади кулаком. Проламываем стену, создаем плот и проплываем под стеной. Далее отплываем направо и перелетаем на другую сторону с помощью тросомета, т.к. плот застрянет. Ледяным ударом затыкаем трубы. Добравшись до стальной двери, замечаем, что рубильник от нее находится слева от нас за решеткой. Достаем управляемый бэтаранг, запускаем его в электричество, после чего перенаправляем его в щиток. Создаем ледяной плот, плывем по течению. Справа от нас под потолком есть уступ, забираемся туда. Взломав консоль с паролем «Романсионис», разворачиваемся и проходим по мосту. Подойдя к двери, получаем стальной трубой по носу. Это доктор, все в порядке. Открываем дверь и попадаем в знакомое помещение. Разбираемся с его обитателями и проходим в следующее с множеством мин. Обходя их, уничтожаем снайпера и обнаруживаем наверху связанную Куинн. Проходим далее, скидываем с уступа двух снайперов, так же обезвреживаем трех клоунов и идем к Джокеру наверх. Сейчас предстоит далеко не легкая битва: множество клоунов, однорукий, накачанный титаном клоун и сам Джокер. Для начала избавляемся от клоунов, стреляя в однорукого электрозарядом, чтобы тот раскидал их своей кувалдой. Далее избавляемся от однорукого, методом оглушения. Точно так же поступаем и с накачанным клоуном. Теперь же осталось добить Джокера.
Пока Бэтмен приходит в себя, у нас появляется новый эпизод из жизни женщины-кошки. Нужно добраться до склада-конфиската. Добегаем до канализационного люка и спускаемся вниз. Для взлома системы безопасности нам потребуются три ключа у бойцов Тайгер. Шуметь запрещено, поэтому действовать придется максимально скрытно. Для этого прыгаем на потолок и крадем три ключа у любых трех бойцов. Возвращаемся обратно к компьютеру и взламываем хранилище. Но бойцы Тайгера не лишены мозгов, как люди Пингвина. Скрытно снимаем каждого солдата и заходим в хранилище. Разбираемся с подкреплением и забираем дипломаты. Когда выйдем из хранилища, у нас появятся два пути: спасти Бэтмена или уйти с добычей. Чтобы потом нас не мучила наша же совесть, идем налево и, бросив чемоданы, спешим к Бэтмену.
Тем временем Протокол-10 скоро вступит в силу, нужно немедленно его остановить. Сперва нужно просканировать вертолеты на программу общего управления. Сканируем все вертолеты, пока не найдем основную программу. Цепляемся на вертолет и скачиваем данные. Теперь пора идти к чудо-башне. Прибыв на место, скидываем двух снайперов и взламываем панель – «Вдохновляя». Проходим вперед, открывая двери электрозарядом, пока не упремся в заключенных и бойцов Тайгера. Послушав нотации Стрейнджа, раскидываем всех бойцов и спускаемся в канализационный люк. С помощью тросомета добираемся до комнаты с часами, где подрываем пол. Встречаем доктора. Разобравшись с охраной у основания башни, взламываем лифт снаружи и внутри – «Навязчивый», «Медикамент». Поднявшись на самый верх, вылезаем из лифта через люк наверху. Через стекло наносим решающий удар и добиваем остальных врагов. Вскрываем ворота – «Бронирование». Продвигаемся вперед по антенне, с ее конца крюком поднимаемся на следующую точку, что выше. Так продолжаем подниматься по балкам все выше и выше. Взламываем консоль – «Поддержание». Поднимаемся в открывшийся люк, где залезаем в вентиляцию. Выбираемся к шестерым вооруженным бойцам, обезвредив которых, взламываем панель к Стрейнджу – «Защита Готэма». Отключаем Протокол-10 и приступаем к поиску Джокера.
Он находится в театре, по периметру которого расположились снайперы. По-тихому разделываемся с ними и проникаем внутрь. Оказывается, Джокер был не настоящим, его роль заменял Глиноликий. Сам же Джокер совсем не здоров и все так же болен. Но с Глиноликим придется все же разобраться. Уворачиваясь от его ударов, закидываем его ледяным ударом, пока тот полностью не окаменеет. Подбегаем в упор, достаем меч и месим глину. Так же можно заманивать его в углы с динамитом, чтобы нанести максимум урона. Делать это нужно, когда тот превратится в шар. Сменив декорацию, сражаемся с глиняным войском, переключаясь на Глиноликого. Отбираем у него лекарство и исцеляемся от яда.
Но история еще не завершена. Переключившись на Селину, направляемся к ее дому за вещами. Внутри нас ждет сюрприз в виде заложенной бомбы. Оказывается, вещи украл Двуликий, направляемся к нему в музей, где расправившись с огромной толпой его людей, забираем то, зачем мы пришли.
