Несмотря на коммерческий успех первой Pillars of Eternity, Deadfire не оправдала финансовых ожиданий Obsidian Entertainment. По признанию дизайн-директора франшизы Джоша Сойера (Josh Sawyer), разработчики сами не знают, с чем связана неудача сиквела. Представитель Obsidian назвал несколько возможных причин — к примеру, игроки могли пресытиться классическими RPG после первой PoE; а может быть, оригинальной игре сильно помог интерес публики к краудфандингу, который снизился к моменту анонса продолжения.

В январе 2019 года, спустя восемь месяцев после релиза Pillars of Eternity II, в игру добавили совершенно новую боевую систему — пошаговую. Для нового режима Obsidian Entertainment переработала интерфейс и баланс сражений. Поскольку битвы в реальном времени существенно отличаются от тактических по механике, переключаться между режимами нельзя — сделать выбор нужно перед началом прохождения.