Разработкой игры занимались лично братья Вачовски — в частности придумали специально для Path of Neo ряд эпизодов, на которые нет и намека в фильме. А еще была изменена концовка: братья заявили, что для видео игры она не слишком подходит, поэтому ввели битву с мега-Смитом, состоящим из обломков мусора.

Игра состоит из сорока миссий, 18 из которых связаны с фильмом Матрица, 19 — с фильмом Матрица: Перезагрузка и 3 — с фильмом Матрица: Революция (также около 10 миссий связаны с персонажами третьего плана (вампиры французы) и некоторыми сюжетными линиями).

Из оригинальных актеров только Лоуренс Фишберн согласился на озвучание своего персонажа.