Якуб Дворовски, рассказал, что во время работы над игрой придумал еще и историю развития мира, которую не включил в проект ни в каком виде. По его версии, действие происходит на планете, которую земляне выбрали в качестве большой свалки для размещения разного рода механического мусора. В этом мусоре случайно оказались работоспособные роботы, которые собрали себе «друзей» из найденных обломков. Чем больше становилось новых роботов, тем больше они хотели сделать планету уютной — так появился «Машинариум» в том виде, в котором он предстает перед игроком.

Главного героя зовут Йозеф. Это имя выбрано в честь Йозефа Чапека, создаетеля слова «робот».

Автор проекта, Якуб Дворовски, в одном из интервью рассказал, что во время работы над игрой команде пришлось отказаться от услуг дизайнера. Он был высоким профессионалом, но относился к работе как к способу заработка, что не устраивало участников коллектива.

Источниками вдохновения для разработчиков послужили известные фантасты (Станислав Лем, Дуглас Адамс, Жюль Верн, Рэй Брэдбери), фильмы Юрия Норштейна, Карела Земана, Стэнли Кубрика и классические квесты вроде The Secret of Monkey Island, Grim Fandango, Mist, Gobliiins, Neverhood.

Эта первая игра данного разработчика, где появляются конкретные отрицательные персонажи. Раньше таковых просто не было — например, в Samorost игрокам приходилось спасать свою планету от столкновения с астероидом.