Почему в разделе «Игры» нет отдельной игры Shadow of the Colossus

К мнению большинства я вроде не обращался, а просто предположил. Если хочешь знать наверняка, спроси того, кто эту игру добавлял.

Возможно потому что обе выпускались в одном комплекте и принадлежат к одной серии.

но изначально, безо всяких переизданий она «одна» выходила на втором плейстешене

Продоваться в одном комплекте они начали только в 2011-ом году.
И это как раз таки написано в твоей википедии

Если не считать переиздания 2006-ого.

Argumentum ad populum!