Обновлённая XCOM не сразу получила добро на разработку — как рассказал глава проекта Джейк Соломон (Jake Solomon), начальство забраковало первую версию питча, написанную в районе 2005 года. Уже в том документе были обрисованы основные черты Enemy Unknown — Соломон описывал стратегию о войне с инопланетянами, где были бы реализованы тактические битвы на трёхмерных картах, система разрушений и научные исследования. При этом некоторые детали из питча в итоге появились только в более поздних XCOM или вовсе остались за бортом: так, операции против людей-заговорщиков добавили в аддоне Enemy Within, случайную генерацию миссий — в XCOM 2, а от возможности строить несколько баз в итоге отказались.

У игры есть забавное совпадение с оригиналом 1994-ого года: она тоже не работает на Windows XP.

Все разработчики обязаны были пройти оригинальную X-com перед тем, как приступить к проекту.