Первоначально игра называлась Junction Point, и в ней создатели хотели развить ролевые элементы первой части, которая в своё время должна была стать этакой Ultima Underworld: The Stygian Abyss от мира интерактивной научной фантастики.

Игра разрабатывалась как самостоятельный проект и приобрела статус сиквела только по настоянию издательства, которое специально выкупила права на бренд.

Изначальная концепция System Shock была слишком похожа на Doom, что многие считают причиной провала первой игры. Поэтому основная масса новаторских решений сиквела была введена в проект исключительно чтобы избежать ассоциаций.

Несмотря на массу новаторских решений и «культовость» проекта — он не оправдал коммерческих ожиданий. Разработка потребовала $1.7 миллиона, и общие продажи не смогли покрыть эту сумму.