По сюжету игры город Лиманск был засекречен и о его существовании знали единицы. Но на многих локациях можно увидеть плакаты с надписями типа «Посетите наш солнечный город Лиманск».

В одном из подвалов Лиманска можно найти «Машину времени» из фильма «Гостья из будущего».

В оригинале, когда Меченый приходит к Сахарову, чтобы спросить о Стрелке, тот заявляет, что не знает, кто такой Стрелок. А в «Чистом Небе» в ответ на вопрос Шрама о Стрелке Сахаров рассказывает, как оный умыкнул у него прототип пси-шлема. А ведь Меченый и Стрелок — это одно и то же лицо, и получается, что Сахаров страдает амнезией. Иначе как он мог забыть человека, который потерял результат его трудов?

В районе НИИ «Агропром» играет музыка из игр «Герои уничтоженных империй» и «Казаки 2».

Также в районе НИИ «Агропром» можно найти здание, в котором находятся чучела всех мутантов вместе с чучелом гигантской кошки, которую разработчики из игры вырезали.

В северной части локации Рыжий Лес можно найти тело убитого отца Валерьяна, однако в это же время он жив и здоров и является предводителем сталкеров на локации Кордон.

На Болоте можно найти железнодорожный путь. Двигаясь сбоку по насыпи, невзирая на радиацию, можно добраться к обрушенному железнодорожному мосту. По ту сторону есть железнодорожный тоннель, по которому можно найти предположительный путь к локации «Мертвый Город». К сожалению, попасть туда нельзя.

Несколько локаций из S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля в измененном виде присутствуют в игре, например, — «Агропром» и Кордон. Присутствует 50% полностью новых локаций и несколько переработанных вырезанных локаций. Одна из самых больших локаций — Болото.

Лидера группировки "Чистое Небо" рисовали с сотрудника GSC. Только он не разработчик, а охранник.