Изначально персонажа по имени Ваан звали Аква, и он был прописан как жёсткий, видавший виды герой, но по мере разработки, когда авторы переориентировали игру на другую аудиторию, его сделали более изнеженным.

Ясуми Мацуно, режиссер, работавший над игрой с 2001 года, приболел и через несколько лет ушел на покой. Его место занял Хироси Минагава. В связи с этим, создатель серии Final Fantasy, Хиронобу Сакагути, отказался проходить игру дальше вступительной заставки, когда она вышла. «Я поиграл совсем немного. Нельзя же чего-то ожидать от игры, когда Ясуми Мацуно, ключевая фигура команды, уходит посередине разработки». Цензоры отметили, что к середине игра действительно начинает резко отличаться от того, с чего начиналась.

Как ни странно, английская версия игры оказалась полнее японской. Режиссер локализации настоял на возвращении в игру видеороликов, которые были вырезаны, чтобы угодить рейтинговой комиссии.

30 июля 2008 года Final Fantasy XII попала в книгу рекордов Гиннесса как самая долго разрабатывающаяся видеоигра. В описании рекорда указано, что разработка заняла в общей сложности 5 лет (с 2001 по 2006). Авторы признались, что большая часть времени была потрачена на создание софта, который облегчил бы разработку.