Ближе к концу игры можно увидеть работающие копировальные аппараты, сканирующие воздух, но выводящие изображения ягодиц. В одном из таких случаев ксерокс включает Альма.

В некоторых эпизодах (крыша парковки, вход в Оберн Мемориал) видно, что окружающие здания не затронуты взрывом. По сюжету разрушен весь район Фэйрпорта и Оберна, а главные события происходят именно в эпицентрах этих районах, но окружающий пейзаж в этих эпизодах блестит чистотой и порядком, что странно для широкомасштабной катастрофы, особенно, если учесть видимость окружающего мира, показанного в F.E.A.R. Perseus Mandate и F.E.A.R. 2.

В одной из перестрелок в метро между «Дельтой» и репликантами появится надпись радиопередачи от бойца «Т. Этвуд». Тобин Этвуд — погибший боец «Дельты» в оригинальной F.E.A.R. — его убили при высадке на крышу здания корпорации «Армахем».

В начале игры, на складе, где игрок отстреливается от репликантов, в комнате пульта управления можно найти единственного выжившего из гражданских, одетого в чисто красную одежду, который не захочет выходить из укрытия, но будет всё время спрашивать, чисто ли на горизонте. Самое интересное, его голос совпадает с голосом координатора F.E.A.R. В дальнейшем координировать ваши действия будет этот голос, но дисплей будет показывать «Координатор SFOD-D» (координатор отряда «Дельта»). Лишь в конце игры надпись сменится на «Координатор Ф.Е.А.Р.»

После эпизода с устроенным клонами подрывом тоннелей метро, когда Оперативник поднимается на ноги, уже стоя не на виадуке с проложенной по нему железной дорогой, а в десятках метров от них на крыше парковки, можно увидеть, сколько крови он потерял. Это доказывает что протагонист — неуязвим. Независимо от того, сколько урона получит Оперативник, он всё равно будет жив и даже не получит серьёзных увечий. Исключение происходит только в финале игры.

Нортон Мейпс, сотрудник корпорации «Армахем», тяжело раненный Харланом Уэйдом в конце оригинального сюжета, по всей вероятности, должен был погибнуть при взрыве Саркофага, так как после ранения был неспособен к эвакуации, и, фактически, находился в эпицентре взрыва. Однако, он появляется в Extraction Point и даже узнает главного героя. Его можно встретить в метро, но его появление не несёт никакой смысловой нагрузки, и, по сути, является пасхальным яйцом.

К существующему от оригинальной F.E.A.R оружию добавили три типа нового оружия.

Продолжительность игры была сокращена вдвое по эпизодам, нежели оригинальная игра, но игровой процесс был расширен за счёт того, что разработчики создали уровни на открытых пространствах, за отсутствие которых сильно критиковалась оригинальная F.E.A.R. Было добавлено новое оружие, такое как пулемёт и лазерный карабин, а также мини-турели. В игру были включены новые виды врагов — роботы.

Движок игры — Jupiter EX.

Главным героем является тот же сотрудник подразделения что и в оригинальной игре, вызванный для проведения первого боевого задания и сразу же попавший в самое сердце зловещих событий.