может ли один разъем для видеокарты поддерживать одновременно и PCI-E 2.0, и PCI-E 3.0
Не совсем корректный вопрос. Разъём вообще ничего не поддерживает, поддержку того или иного стандарта определяет чипсет. Более того эти стнадарты кардинально друг от друга не отличаются. Разве что карта для 3.0 будет работать не в полную силу на 2.x из-за более низкой пропускной способности шины.
является ли видеокарта Nvidia GeForce GTX 980 двухпроцессорной?
Нет, она имеет один GPU.