[Skype] После недавнего обновления скайп выводится поверх всех окон.

Это для совсем старых версий скайпа. Microsoft на корню обрубает использование старых версий, что вызывает бурное недовольство среди пользователей. В частности, Linux — где самой популярной звуковой архитектурой является ALSA, и с которой работали все старые версии — Microsoft выпустила новую версию, которая работает только с непопулярной и спорной по качеству PulseAudio, отключив поддержку старых версий.
Что до Windows, то не так давно закрыли поддержку пятой версии скайпа, если не ошибаюсь. 6.21 работает стабильно, последние (билды 6.22.xx для Windows, например) — как-то не особо, притом на большинстве платформ. Сам с облегчением откатился на шестую версию с седьмой на Mac, а на линуксе нашёл альтернативу в лице Viber — не хочу менять архитектуру из-за капризов мелкомягких.
В целом, в рамках шестой версии можно не беспокоиться, что вы не сможете залогиниться — это активная его ветка, а какая у вас субверсия — не имеет значения. Во всяком случае, пока что — кто знает, чего им завтра в голову придёт.

Ммм, переустановка до прошлой версии..?
Пора уже привыкать, что обновления скайпа ни к чему хорошему не ведут, увы.
Если понадобится, тут можно найти оффлайновый инсталлятор версии 6.20 (линк на оф.сайт).

Всё. Скайп сам это поправил.

Но меня в принципе устраивает. Теперь у меня звонки реже обваливаются, задержка стала ещё меньше. Должен же быть способ как то отменить именно выведения окна поверх прочих?

https://support.skype.com/ru/faq/FA34438/pocemu-neobhodimo-obnovit-imeusuusa-versiu-skype-cto-nuzno-sdelat-ctoby-obnovit-skype-i-prodolzat-ispol-zovat-programmu

А что на счёт этой угрозы?