Нужно для начала нормальный мониторинг наладить. Кто кого и как именно нагружает. Afterburner в помощь. Он бесплатный.
Вообще же распределение по ядрам и потокам зависит от самого исполняемого приложения, а не от системы. Может, мододелы чего-то нахимичили.