В недрах игровых файлов спрятан секретный удар Shin Shōryūken — отсылка к герою Street Fighter по имени Рю. Игроки обнаружили этот приём лишь в 2019 году — спустя более чем 19 лет после релиза Shenmue!

На ранних этапах разработки у главного героя игры был велосипед, с помощью которого можно было перемещаться по городу, но в итоге его вырезали — по мнению фанатов, дело в том, что просто добежать до пункта назначения получалось быстрее.

Изначально игра должна была быть традиционной PRG с персонажами и сюжетной линией Virtua Fighter — главным героем выступал Акира. Однако со временем сценаристы стали своевольничать и решили, что персонажи могли бы стать самостоятельными.

Игра разрабатывалась так, чтобы «выжать максимум» из консоли Sega Saturn. Увы, консоль провалилась и проект стал мультиплатформенным. Однако амбиции никуда не делись: Shenmue стала одной из первых игр, в которых второстепенные персонажи были озвучены и прорисованы. Больше того: это первая в мире игра со сменой времени суток и одна из первых с использованием QTE (quick time events — роликов, в которых нужно вовремя нажимать на кнопки).