Эта часть должна была стать последней в линейке Mega Man X, поэтому сюжетные линии в ней получили логическое завершение. Однако впоследствии Capcom дала добро на разработку X6, и создателю Mega Man Кейдзи Инафунэ (Keiji Inafune) пришлось изменить свои планы. Позже Инафунэ извинился перед фанатами за то, что на какое-то время утратил контроль над серией.