В предрелизной версии игры после взрывов и битв над улицами возникал туман. Оптимизируя игру, создатели обнаружили проблему — эффект дыма работал не совсем корректно и нагружал графический процессор, даже когда никакого тумана в кадре не было. Девелоперы попытались исправить эту неполадку, но оказалось, что за исключением упомянутого выше эффекта дым в Prototype практически не использовался, а нужных инструментов для работы с ним не было. В итоге авторы с сожалением вырезали туман из боевика — времени до выхода игры оставалось мало, так что возиться со строптивым эффектом было некогда.

Изначально разработчики хотели ввести в игру мультиплеер, но в конце концов отказались от этой затеи и сконцентрировались на сюжетной кампании.

Главный герой Prototype получает от жертв их возможности и воспоминания. Например, если вы поглотите летчика, вы сразу узнаете, как управлять вертолетом.

Умение поглощать память влияет на сюжет.

Алекса Мерсера озвучивал актер Барри Пеппер. Кроме того, в проекте приняли участие Гордон Клэп (NYPD Blue) и Пол Гилфойл (сериал CSI).

В среднем игра понравилась публике и получила в среднем 8,5 из 10.

Вместе с игрой было выпущено 6 номеров комиксов.

Главный герой игры фактически не мутант, а супервирус в чистом виде.

Движок игры называется Titanium.