Режим захвата флага (Capture the flag), первоначально запланированный, не вошел в финальную версию игры, так как был слишком похож на режим Power Struggle. Джек Мамайс, сотрудник Crytek, заявил, что Crytek надеется, что этот режим будет развит сообществом мододелов. Президент Crytek Цеват Йерли также сказал, что и Team Action (командный deathmatch) не был включен как режим мультиплеера, потому что игроки стремились бы или к Instant Action, или к Power Struggle.

В самой игре можно собрать все сведения о событиях, предшествовавших игровым. На локациях «раскидано» довольно много бумажных газетных листов. Если увеличить качество текстур до максимума и присмотреться на эти листы с близкого расстояния, используя оптический прицел или бинокль, то можно отчетливо разглядеть заголовки и подзаголовки газетных статей, а также газетные иллюстрации. В домах корейцев можно найти портреты вымышленного лидера Кореи в 2020-ом году — Ким Чонджуля. Однако самое большое представление о сюжете дают радиопередачи, в которых канал BBC рассказывает о статусе Кореи на геополитической арене, о намерениях Соединенных Штатов относительно островов Лингшан и о деталях боевой операции американских войск по захвату острова. Радиоприемники можно найти в разных частях игры, а также при посадке в некоторые транспортные средства.

Истинные имена персонажей раскрыты в редакторе Sandbox 2 Editor, который поставляется вместе с игрой.

Некоторые энтузиасты подметили, что, редактируя файлы конфигурации, большинство «очень высоких» параметров настройки графики (обычно зарезервированных только для DX10 и, соответственно, Windows Vista) можно активировать и под DX9 и Windows XP . «Очень высокий» графический режим DX9 выглядит почти идентичным режиму DX10, но с определенными особенностями, которые просто невозможно правильно воспроизвести под DX9. К ним относится, например, размытость изображения движущегося объекта.

В окончательной версии Crysis существенно уменьшен и сокращен сюжет.

Также в финальной версии игры изменена последовательность развития сюжета. Изначально он должен был условно делиться на три части. Первая часть – война в джунглях с северокорейцами и активизация пришельцев; вторая часть – инцидент на авианосце; третья часть – события на корабле пришельцев. Более того, в игре должен был быть частично нелинейный сюжет, в который, к тому же, должны были быть вовлечены китайские войска.

В оружейном арсенале мог присутствовать еще один тип патронов – тактический. Тактическими пулями протагонист должен был «помечать» врага, после чего его месторасположение отмечалось бы на мини-карте. Также эти пули могли усыплять и убивать врагов.

По крайней мере одно стрелковое оружие было вырезано из игры - им стала вымышленная корейская автоматическая винтовка MPXA, выполненная по схеме «булл-пап». Эту винтовку в руках корейских солдат можно часто заметить на ранних видеороликах. По внешнему виду MPXA сильно напоминает существующую в реальности китайскую автоматическую винтовку QBZ-95/97.

Напарники протагониста должны были погибать не согласно скриптам и поворотам сюжета, а в зависимости от игровой ситуации и действий протагониста. Они должны были обладать «адаптационным искусственным интеллектом» - повторять тактические действия и поведение игрока. Если, например, игрок атакует базу врага, то и сослуживцы делают то же самое без специальных команд, данных им. Если протагонист ведет игру в режиме «стелс», использует режим невидимости и оружейные глушители, то и напарники должны повторять эти действия и стиль игры самостоятельно, без каких-либо указаний со стороны игрока. Если же напарник погибал во время игры, то потом он не «воскрешался». Более того, смерть напарников, согласно ранним превью, могла изменить развитие сюжета.

Планировалось, что в игре будут присутствовать такие природные катаклизмы как смерчи, торнадо и землетрясения. И хотя в финальной версии Crysis есть большинство вышеназванных катаклизмов, они реализованы далеко не полностью и не так, как планировалось. В редакторе уровней Sandbox 2, который поставляется вместе с игрой, все эти природные эффекты имеют «полную» функциональность, недоступную в сюжетной кампании.