Разработанна создателем Total Annihilation Крисом Тейлором. Игра является духовным последователем Total Annihilation, хотя история в Supreme Commander совершенно другая.

В основу игры легла мысль о том, что современные RTS оперируют слишком маленькими масштабами. Именно сделать «эпическую» стратегию было главной целью разработки.

Это одна из первых игр, которая честно поддерживала несколько ядер процессора: нагрузка равномерно распределялась между обоими вычислительными устройствами.

Автор саундтрека, Джереми Соул (Jeremy Soule), принципиально отказался от использования привычного оркестра, использовав для записи только синтезаторы.