За время разработки Ground Zeroes не раз сменила платформы и формат. Изначально её хотели выпустить на PlayStation 3 или PSP, но авторы выяснили, что сделать это сложнее, чем они думали. После анонса нового поколения консолей планы изменились — пролог должен был выйти вместе с Metal Gear Solid V: The Phantom Pain. Однако создатели не успевали к запуску Xbox One и PlayStation 4 и решили продавать Ground Zeroes отдельно, чтобы фанаты серии поскорее увидели некстгенную MGS.

В одном из интервью сценарист и режиссёр серии Metal Gear Хидео Кодзима (Hideo Kojima) поведал, что изначально в клетке с Чико должен был лежать труп Паз — мальчику пришлось бы смотреть, как тело постепенно разлагается. Но по какой-то причине в финальной версии этой детали не оказалось — видимо, авторы решили не травмировать психику пользователей такими подробностями.