После выхода игры Nintendo подумывала о создании сиквела Wind Waker. Увы, проекту с рабочим подзаголовком Wind Waker 2 не суждено было увидеть свет. По словам продюсера серии Эйдзи Аонумы (Eiji Aonuma), авторы сменили курс после того, как выяснили, что пользователи ждали Zelda в духе Ocarina of Time. Кроме того, действие сиквела Wind Waker по большей части происходило бы на суше, так что Линку пришлось бы часто скакать на лошади — а низкорослая, мультяшная версия героя из первой WW для этого не годилась.

Изменение графического стиля игры помогло авторам найти свежие геймплейные идеи — нарисованному не так, как прежде, Линку придумали новые движения, которые в прошлых частях выглядели бы неестественно.

По мнению портала GameSpot это лучшая игра 2003-его года.

20 сентября 2013 года в списке платформ игры появилась еще и WiiU — специально для консоли был создан HD-ремейк.

Не все одобрили новый визуальный стиль серии (игр выполнена с применением cell-shading'а), а потому за игрой закрепилось прозвище Celda.