На Game Developers Conference 2017 Уоррен Спектор (Warren Spector), один из ключевых разработчиков игры, рассказал, что имя Джей-Си Дентона (так зовут главного героя Deus Ex) — отсылка к другу Спектора, писателю Брэдли Дентону (Bradley Denton). Тот всегда был рад помочь товарищу, и иногда Уоррен в шутку восклицал: «Иисус Христос, Дентон, не будь таким услужливым!» (Jesus Christ, Denton, don’t be so helpful!) Так протагонист и получил свои инициалы — JC, то есть Jesus Christ. Впрочем, существование в игре религиозных мотивов авторы тоже подтверждают.

Название игры происходит от выражения «deus ex machina», что означает «бог из машины». Изначально никакого отношения к механике фраза не имела, она была сродни русскому «Рояль в кустах».

Игра вышла в 2000 году, причем, согласно сюжету, Всемирный Торговый Центр был взорван террористами. Спустя год после выхода игры это действительно произошло. Разработчики заявили, что решение исключить здания из игры было всего лишь средством улучшения производительности.

Игру можно пройти, не совершив ни одного убийства.

Изначально финал игры должен был разворачиваться на космической станции, причем геймплей серьезно изменился бы с учетом низкой гравитации и отсутствия кислорода. Но разработчики отказались от этой идеи, когда увидели реакцию общественности на последние уровни Half-Life.

В 2002 году Columbia Pictures анонсировала фильм, основанный на сюжете игры. Подготовительный этап продолжался до 2006 года, однако потом от идеи окончательно отказались. Впрочем, с выходом третьей части Deus Ex проект разморозили.

В 2002 году в Германии планировали поставить пьесу по Deus Ex. Основной идеей была возможность изменения сюжета по ходу действия – в зависимости от выбора зрителей. Спектакль был отменен за 2 недели до премьеры из-за начала работы над фильмом.