Изначально игра разрабатывалась как Tiberian Twilight и должна была навсегда закрыть Command & Conquer.

Разработчики привлекли к написанию сценария нескольких учёных из Массачусецкого Технологического Института, чтобы те научно обосновали состав тиберия, природу и принцип работы на атомном уровне, его влияние на окружающую среду. Не то, чтобы это оказалось слишком полезной работой, но пафоса нагнать удалось.

Джо Кукан (Joseph Kucan), актер, сыгравший Кейна, уже не работал в EA, но ради легендарного образа охотно вернулся для съемок внутриигрового видео.

Изначально движок Sage — strategy gaming engine — разрабатывался для C&C3, но ту версию игры отменили. Движок остался, на нем вышли C&C: Generals и Lord of the Rings: Battle for Middle-Earth. И только после них — сама C&C.

29 мая 2007 года, Del Rey Books выпустили в продажу книгу «Command & Conquer: Tiberium Wars» описывающую события происходящие одновременно с игрой. Книга сосредоточена на трёх персонажах: солдат GDI по имени Рикардо Вега (возможный племянник Нодовского генерала Веги), репортёрша W3N Аннабелла Ву и командир 22-го батальона Майкл «Мак» Макнил (персонаж игрока из игры «Command & Conquer: Tiberian Sun»).