Игру разрабатывали два человека на протяжении двух лет: Дерек Ю и Алек Холока. Оригинальный концепт, аудио и программная часть принадлежат последнему. Дизайн — Дереку. Они создали компанию Bit Blot только ради того, чтобы представить проект на Independent Games Festival.

В качестве творческого ориентира авторы называют Zelda 1, Final Fantasy VI и Blood Omen.

Изначально игра разрабатывалась с большим открытым миром и огромным количеством сторонних квестов. Позже эту структуру упростили и дату релиза сдвинули, чтобы выпустить игру к IGN 2007. История и мир прописывались на поздних этапах создания.

Сценарист рассказал, что во время работы над игрой у него были личные проблемы — и под этим впечатлением в образ Найи были внесены печальные нотки. Поэтому воспринимать её стоит как достаточно депрессивного персонажа. Авторы решили, что одиночество это «торговая марка» исследовательских игр.

Игра разрабатывалась специально для того, чтобы управлять только мышью. Управление с помощью геймпада было добавлено позже, для галочки.

В 2009-ом году саундтрек к игре (50 композиций) был выпущен на двух дисках.

Эндрю Черч (Andrew Church) выпустил пиратский порт Aquaria на PSP. Разработчики впечатлились этим настолько, что дали ему официальное право портировать игру на iPad. В той версии управление было скорректировано под тачпад и изменен принцип, по которому работает карта.

В сети можно найти любительские уровни и модификации — вместе с ней поставлялся редактор. Алек отдельно отметил nude-патч для игры. По его мнению это забавно.