Изначально игра называлась The Kindred Blades. Та версия была более мрачной, примерно как Warrior Within: например, в The Kindred Blades можно было расчленять врагов, а Кайлину не убивал Визирь — она сама прыгала со скалы, чтобы спасти Принца.

Предполагается, что последние слова Принца из The Two Thrones и первые — из The Sands of Time должны быть одинаковыми: мол, после событий заключительной части трилогии протагонист рассказывает обо всём Фаре. Однако реплики Принца из разных игр немного различаются. В первой части он произносит: «Ты можешь спросить, кто я такой и почему говорю это. Присядь, и я расскажу историю, подобную которой ты ещё не слышала». В «Двух тронах» фраза звучит так: «Ты можешь спросить, кто я на самом деле и почему говорю это. Идём, и я расскажу историю, подобную которой ты ещё не слышала». Не представляем, почему «присядь» превратилось в «идём», а вот замена «кто я такой» на «кто я на самом деле» понятна — по сюжету The Two Thrones Фара успела неплохо узнать героя, так что вряд ли она спросила бы у Принца, кто он.

Во вступительном ролике Кайлина говорит: «Считается, что, когда Принц отправился на Остров Времени, чтобы избежать смерти, он вернулся оттуда один. Амулет был уничтожен, Дахака усмирён, Императрица мертва, а Принц наконец обрёл свободу». Героиня описывает «плохую» концовку Warrior Within, которую получили игроки, не нашедшие водный меч.

Принца снова озвучивает Юрий Ловенталь, актер, игравший его и в первой части.

Внешность героев довольно заметно изменилась: большое количество шрамов на теле Принца; светлая кожа и черты лица Фары; иная внешность у Кайлины; значительно постаревший визирь.

Анимация боев в игре та же, что и во второй части, но расчленения врагов нет, поэтому возрастной рейтинг снова 12+.

Возможно, все это случайные совпадения, но убийство полу-босса Эль Гиганте в игре Resident Evil 4 во многом схоже с убийством врага Зверь в Warrior Within. Любопытно, что при этом преображение визиря в ролике в The Two Thrones весьма схоже с мутацией босса Старосты в Resident Evil 4.

Действие происходит даже на эпической Вавилонской башне, у которой, что интересно, есть вершина, напоминающая об истории о Вавилонской башне в Ветхом Завете, которую люди строили и строили, надеясь достичь небес.

Кинжал Времени выглядит несколько иначе, нежели в первой части игры, где он коротенький и не так детально прорисован. В третьей части кинжал удлинился и стал более острым.

Несмотря на то, что Принц использует силы Песка уже с помощью Кинжала, а не Медальона (как во второй части), отсеков Песка все равно только шесть и только одного типа.

Найдя кинжал в начале игры, Принц сетует: «Почему всякий раз, когда я попадаю в беду, у меня в руках не оказывается хорошего меча?», что отсылает нас к началу второй части игры, где на первых порах приходится пользоваться палкой.

Возможно, это случайность, но внешний вид Темного Принца во многом напоминает индийского бога Шиву.

В этой части мы теперь сможем ездить на колеснице в двух уровнях.

В русской версии, получившей название «Принц Персии: Два Трона», Темного Принца озвучивает Александр Груздев. Его бархатно-мрачный голос как нельзя лучше подходит для этого персонажа.

Существует несколько секретных образцов оружия в левую руку, добываются они очень просто — вводом специальных кодов на экране паузы. Узнать эти коды можно, проходя игру на разных уровнях сложности. Однако, несмотря на популярное заблуждение, если коды узнать другим путем, их можно ввести сразу, и не имеет значения ни выбранный уровень сложности, ни процент пройденной игры. Также совершенно неважно, есть ли у Принца в руках какое-либо второе оружие, когда вводится код. Эти виды оружия достаточно шуточны по своему виду, но эффективны.