В первоначальной версии сценария Mass Effect 3 Призрак должен был превратиться в существо, напоминающее Жнеца. Позже от идеи отказались — авторы хотели подарить игрокам радость от сражения со знакомым персонажем, а не с чудовищем. Это решение команды подчеркнуло, что главное оружие Призрака — не физическая сила, а интеллект.

На протяжении всех игр поклонники Mass Effect гадали, как же выглядит кварианка Тали’Зора, носящая маску. В финале трилогии тем, чей Шепард полюбил именно Тали, позволили взглянуть на её фото. Как вскоре выяснилось, это изображение — слегка изменённая «стоковая» фотография, и подобное отношение разработчиков к персонажу здорово возмутило пользователей.

Персонажа, рассказывающего ребёнку о деяниях Шепарда в конце Mass Effect 3, озвучил Базз Олдрин (Buzz Aldrin) — американский авиационный инженер, астронавт и второй человек в истории, ступивший на Луну.

Так как с самого начала было известно, что игра планируется трилогией, команда разработчиков имела возможность заняться третьей частью еще до релиза второй.

Разработка сценария началась с трехстраничного документа, который согласовывался со всеми членами команды. И только после того, как «общий план» всех устроил — его стали детализировать.

С игрой вышел досадный казус: официальный финал устроил далеко не всех игроков и породил целую бурю критики в свой адрес. Так, фанаты игры собрали $1000 долларов, купили 402 пирожка трех цветов и отправили по почте в офис Bioware. Волна негодования была настолько большой, что разработчикам пришлось через несколько месяцев выпустить специальный DLC с «расширенной и исправленной» концовкой.

Это первая игра серии, в рекламной кампании которой участвовала женская версия капитана Шепарда.

В ходе рекламной кампании разработчики на воздушных шарах запустили в воздух несколько копий игры, снабженных устройством GPS. Каждый нашедший копию мог спокойно начать играть в неё за неделю до релиза.