На уровне 3-10 есть отсылка к первому «Терминатору» — в машинном прессе лежит раздавленный робот модели T-800. Схожая участь постигла героя Арнольда Шварценеггера (Arnold Schwarzenegger; именно он исполнил роль терминатора в фильме) — его раздавило прессом.

На уровне 2-8 есть отсылка к популярному фильму «Звёздные войны. Эпизод V: Империя наносит ответный удар» — в конце пещеры можно найти висящего вниз головой мёртвого Люка Скайуокера. В версии игры для Nintendo 64 Люка заменили магистром Йодой.

Если на уровне «Стадион» вы используете реактивный ранец или просто посмотрите вверх, то увидите дирижабль с надписью Duf Beer — это отсылка к вымышленному пиву «Дафф» из телесериала «Симпсоны».

В оригинальной версии игры «цыпочки» (babes) завёрнуты в коконы и стонут: «Убей меня…», если нажать рядом с ними кнопку действия. Кроме того, девушки практически полностью обнажены. В издании для консоли Nintendo 64 женщины одеты и их нельзя убить (именно так Дюк «спасал» их в другой версии) — как только нажмёте кнопку действия рядом с одной из пленниц, та просто исчезнет.

Версия игры для Nintendo 64 подверглась цензуре из-за того, что Nintendo уже тогда позиционировала себя как компанию, выпускающую продукцию для всей семьи. В основном под нож пошёл контент, связанный с сексом, — например, порномагазин стал магазином комиксов.

Актер Джон Сент-Джон (Jon St. John), ответственный за голос центрального персонажа, сказал что его любимая реплика из игры: “I’ll rip your head off and shit down your neck”.

Игра изобилует аллюзиями на различные произведения поп-культуры. Дюк часто использует реплики других культовых персонажей и находит на уровнях объекты из всемирно известных фильмов. Даже обложка проекта является отсылкой: она дублирует постер фильма «Зловещие мертвецы 3» (Army of Darkness).

В 2008 году игра переиздана для Xbox Live. Была добавлена интересная геймплейная особенность: после смерти игрока на экране возникал интерфейс видеоплеера, позволявший отмотать события до удобного момента, избегая загрузок.

Размер команды разработчиков колебался от 8 до 12 человек. Бюджет разработки составлял $300 000, примерно $10 000 на человека.

В финале Duke Nukem II герой отправляется на Землю, где и происходят события триквела. Однако описание сюжетов игр не согласуется: вторая часть закончилась в 1998, а третья началась «В начале 21-ого века». Видимо, полет занял у героя несколько лет.

То, что действие игры происходит в Лос-Анджелесе, само по себе является для США шуткой. Город славен огромным количеством эмигрантов: игра не стесняется проводить параллели между приезжими мексиканцами и агрессивными пришельцами.