Одной из не добравшихся до релиза особенностей игры стала возможность снимать с врагов скальпы (в конце концов, Коннор — индеец!). От идеи отказались, когда выяснили, что могавки редко прибегали к скальпированию; кроме того, авторы решили, что эта механика будет слишком жестокой, а главный герой не настолько кровожаден.

Изначально в игре должно было появиться лезвие на цепи, которое стало бы своего рода дальнобойной версией скрытого клинка, однако разработчики сочли такое оружие слишком «фэнтезийным» и заменили его дротиком на верёвке.

Во главе истории Assassin's Creed 3 новый герой — метис из индейского племени Могавков по имени Радунхагейду, сын английского интервента и коренной американки. Сюжет охватывает 20 лет его жизни от самого детства: становление юноши, его перевоплощение в ассасина Коннора Кенуэя и множество дальнейших приключений.

В погоне за достоверностью и атмосферой разработчики насытили игру массой бытовых деталей. Например, в резервации Коннор может добывать пищу и трофеи, занимаясь охотой и выслеживанием дичи. Процесс показан довольно детализировано и зависит от ландшафтных условий, от сезона и погоды.

Сюжетная история третьей части на 20% длительнее второй. События развиваются в период с 1753 года до 1783 с учётом множества значимых исторических событий вроде Бостонского чаепития и Чесапикского сражения.

Новая ветка развития серии — морские баталии. Появилась возможность взять под своё командование внушительное судно и вступать в поединки на море. Как и в «Корсарах», в Assassin's Creed 3 очень много внимания уделено соответствующим деталям: ветер влияет на ходовые характеристики корабля, пушки долго перезаряжаются, корабли маневрируют, чтобы выйти на хороший угол обстрела с бортовых орудий и так далее.

Игра создана на новом движке Anvil Next, который предлагает куда более совершенную графику и физику, а также существенно доработанную адаптивную анимацию. Благодаря новой технологии разработчикам удалось масштабно воплотить разные погодные эффекты и сезоны, снежные локации и поверхности, а также рощи и деревья, — со всем этим герой адекватно взаимодействует и правильно реагирует. Например, проваливается в снег и не может быстро пересечь заснеженный участок, а также лазает и прыгает по деревьям, скрывается в зарослях и так далее.

Существенные обновления боевой системы позволили главному герою сражаться, держа в каждой руке различное оружие, а также выполнять убийства в воздухе не только скрытым клинком. Кроме того, в арсенал добавили дротик на верёвке — хитрое приспособление на манер гарпуна, позволяющее подвешивать врагов. Разумеется, вырос и ассортимент огнестрельных образцов, а соперников стало можно использовать в качестве живого щита.

«Коннор» на языке шотландских кельтов означает «любитель собак», а «Кенуэй» на древнеанглийском — «храбрый свободный воин». «Радунхагейду» на языке племени Могавков значит «израненный жизнью».

Сюжету в третьей части саги уделено особое внимание. Более чем два часа кат-сцен разворачивают для нас историю с участием огромного множества реальных исторических персонажей (более 80% от общего числа действующих лиц), заботливо озвученных профессиональными актёрами.