Во второй половине нулевых, когда Creative Assembly собиралась сделать хоррор по «Чужому», издательство SEGA настаивало на том, чтобы студия занялась игрой про Олимпиаду. Не желая идти на открытый конфликт с начальством, разработчики взялись за создание прототипа Isolation без ведома SEGA. Прототип собрали за три недели на движке экшена Viking: Battle for Asgard. Сначала Creative Assembly показала игру другим отделам SEGA, чтобы в компании начали говорить о перспективном проекте, а затем пошла к руководству и получила зелёный свет.

Изначально Alien: Isolation создавали как игру с видом от третьего лица — в годы её разработки хорроры от первого лица ещё не стали популярными, а камера за плечами героя или героини, напротив, воспринималась как нечто само собой разумеющееся. Однако в процессе производства некоторых сотрудников Creative Assembly посетила идея сменить перспективу. В итоге и команда, и начальство сошлись во мнении, что вид из глаз в Isolation работает лучше.

На одном из этапов разработки игры Creative Assembly хотела наделить андроидов Джо необычной особенностью — они должны были угрожающим тоном цитировать произведения Уильяма Шекспира (William Shakespeare). Авторы даже успели записать несколько реплик, но в конце концов отказались от идеи — она плохо сочеталась с атмосферой Isolation.

На уровнях можно отыскать оригами, изображающие единорога. Эти поделки — отсылка к фильму «Бегущий по лезвию», режиссёром которого был Ридли Скотт (Ridley Scott), снявший оригинального «Чужого».

Маршала Уэйтса из Isolation озвучил Уильям Хоуп (William Hope) — актёр, сыгравший лейтенанта Гормана в фильме «Чужие».

Изначально игра разрабатывалась как небольшая техно-демонстрация, которую сотрудники рискнули показать Sega. В ней игра задумывалась как «прятки» между двумя игроками в мультиплеере — один за чужого, другой за человека. Срослось, и авторы получили бюджет.

Авторы очень много внимания уделили тому, чтобы быть похожими на самую первую часть фильма. Для этого применяются специальные фильтры изображения и тщательно воссоздан антураж кораблей той эпохи.

Для образа Чужого было разработано около 80 вариантов анимации.

20th Century Fox предоставила The Creative Assembly три терабайта информации, относящихся к оригинальному «Чужому», включая наброски дизайна. Кроме того, были переданы музыкальные композиции, часть из которых пришлось переиграть. В оркестр вошли те же люди, что записывали композиции тогда, много лет назад.

Если верить разработчикам, разработка игры закончена в январе 2014. Остальное — только полировка деталей и отлов багов.