pcsx2 v1.5.0 и Metal Gear Solid 3

Как сохраняешься? Внутреигровыми сейвами или квик-сейвами (F1-F3)? По моему (могу ошибаться) у них разные пути хранения: для карты памяти отдельно, для «квиков» отдельно. Можно вытащить их из папок, сохранить где нибудь отдельно и попробовать переустановить эмуль с удалением и тотальной чисткой реестра от старого. Попробуй так же другую, чуть ниже версию эмулятора.
При сохранении квик-сейвами ты можешь делать (опять же «по моему») четыре (три точно) независимых сейв-файла. Если они все крашаться, то это полюбому беда эмуля.
Напиши как и куда сохраняешься.

Эмулятор не устанвливается как программа в реестр, а скачена и положена в папку.

Насчёт этого понял, у тебя грубо говоря GOG версия эмуля или типа портейбл эдишн))) Хорошо, а квик-сейвы вообще работают? Ну а если не хочешь квиками сохраняться и дело действительно в самой игре, то остаётся самый геморройный метод — бэкапить папку мэмори стик (дублировать её, допустим, на рабочий стол) после каждого сохранения, и в случае очередного краша подменять её одной из рабочих. Ну до этого думаю ты и сам бы додумался)

По хорошему эмуль нужно качнуть другой и установить его в систему, что бы все пути к сейв-файлам прописались автоматом. Если для тебя не проблема настроить Pcsx2 с нуля, то так и делай. Ну а если проблема, то остаются квик-сейвы и бэкапы. Другого не дано. Тем более, что квиков можно делать аж десять штук в разные, назовём их, слоты. И уж какой нибудь один да окажется «живым».
F1 — сохранение. F3 — загрузка. F2 — смена слота (1-0)

Поройся в настройках эмулятора и смени путь, чтоб без русских букв был.
C:\MGS3Save\
Чтоб примерно так было.

Попробуй убрать все дефисы и точки, возможно поможет

Переустанови эмулятор, вдруг дело в нем

Это сработает если программа не будет портить сейвы все время. Может квиксейвам безопаснее?

На этот вопрос попросту нет однозначного ответа) Всё зависит от конфигурации твоей системы (связка «процессор+видеокарта»). Познаётся всё чисто эмпирически, т.е. методом проб и ошибок (или методом «научного тыка»)) Выбор видео плагина, тончайшая настройка внутри плагина и многое, многое другое. В своё время я проводил часы за настройкой этого эмуля под конкретную игру для того, чтобы добиться максимального качества картинки при приемлемой производительности. Экспериментируй, всё в твоих руках)

Сохраняюсь на карту памяти. Через игру без квик-сейвов.
Дело в том, что и на PS2 с этой игрой и еще Black было то же самое.
Эмулятор не устанвливается как программа в реестр, а скачена и положена в папку.

Спасибо. 7 часов игры жалко, но все же. А как насчет графических настроек? Я так понял на OpenGL графика лучше, а на DX11 не будет бага с термовидением?

C:\pcsx2-v1.5.0-dev-61-ga6eb871-windows-x86\memcards
русских букв нет

Попробовал — не сработало.
Все работало до сегодняшнего дня. Сохранялось и загружалось.