В Elite Dangerous есть сюжет, но он размазан по событиям в реальном времени, потому игроки на него влияют лишь очень косвенно, да и разработчики не спешат активно в этом участвовать и порой даже мешают. Потенциально это очень хороший сюжет и причастность к нему это что-то особенное, но рекомендовать такое я бы искренне не стал. С другой стороны, это настолько космический симулятор, насколько можно, не скатившись в физические формулы для управления кораблём.
House of the Dying Sun обладает сюжетом, на мой вкус оно слишком как «приправа» ощущается из-за слабоватой подачи, хотя люди в целом хвалят всю эту движуху.
Everspace, хотя и не совсем спейсим, а спейсрогалик, обладает сюжетом. Вторая часть, потенциально, будет ещё лучше, но неизвестно когда.
Stellaris, хотя и не спейсим, а спейсграндстратегия, каждую партию создаёт череду событий, которая формирует достаточно уникальную «историю». Очень залипательно, оставляю как рекомендацию если совсем уж ничего в жанре не найдётся.