Одним из самых ярких эпизодов игры стал двухминутный подъём по лестнице — эта сцена и звучащая на фоне песня Snake Eater превратились в мем. Поскольку подъём мешал спидраннерам, в 2022 году бразильский энтузиаст под ником apel нашёл способ его пропустить. Для этого нужно совершить ряд неочевидных действий — например, последовательно экипировать микрофон, любую гранату, любой пистолет и нож, а также подойти к лестнице, повернуться лицом к западной стене и направить камеру вниз. В результате всех манипуляций главный герой встанет в Т-позу, а затем переместится наверх. Будьте осторожны — трюк срабатывает не всегда и может привести к вылету стелс-экшена.

Если оглушить Оцелота и убить его, игра закончится экраном «геймовера». Также вам скажут: «Снейк, ты не можешь этого сделать! Будущее изменится! Ты создашь временной парадокс!» (Snake, you can’t do that! The future will be changed! You’ll create a time paradox!) Дело в том, что в прошлых частях серии, действие которых происходит после событий Snake Eater, Оцелот жив. Кроме того, через некоторое время после гибели Снейка надпись «Снейк мёртв» изменится на «Временной парадокс».

В игре операция The Virtuous Mission проходит 24 августа 1964-го года — это день, когда в реальном мире маленькому Хидео Кодзиме исполнился один год. Изначально автор хотел использовать в стелс-экшене день своего рождения, но сдвинул дату на год, чтобы включить в сюжет убийство президента США Джона Кеннеди (John Kennedy).

Если во время одного из эпизодов допросить Еву, есть шанс, что она скажет: «Вверх, вверх, вниз, вниз, влево, вправо, влево, вправо… Я не помню остальное!» Это отсылка к «коду Konami» — комбинации кнопок, которая использовалась во многих играх Konami и других компаний.

Создатель серии Metal Gear Хидео Кодзима (Hideo Kojima) рассказал, что внешность героини Босс во многом «позаимствована» у актрисы Шарлотты Рэмплинг (Charlotte Rampling).

В Snake Eater есть скрытная змея под названием цутиноко (Tsuchinoko), которую нельзя засечь с помощью радара или тепловизора. Если поймаете ёё и будете носить с собой до конца игры, то получите уникальную раскраску для лица, дающую неограниченный боезапас. На самом деле цутиноко — легендарное змееподобное животное из Японии; его существование не доказано.

Если взорвать склады продовольствия на какой-либо локации и вернуться туда чуть позже, обитающие на этом уровне солдаты будут жаловаться на голод и набросятся на любую, даже отравленную, еду, которую подбросит им Снейк.

Если подождать некоторое время в тёмной пещере, куда герой попадает после битвы с Оцелотом, постепенно картинка будет становиться светлее, симулируя таким образом привыкание зрения Снейка к мраку.

Если сохранить игру во время битвы со снайпером The End, а затем продолжить прохождение через неделю (или просто перевести часы в настройках), «босс» умрёт от старости и избавит вас от необходимости сражаться с ним.