Игра является триквелом Parasite Eve, поэтому тройка фигурирует в названии. И, хотя главная героиня осталась прежней — Айя Брея — сюжет мало связан с предыдущими частями серии. Так что, формально, получается спин-офф.

Во второй части Parasite Eve среди прочего была прекрасная сцена в душе. Фанаты, узнав о разработке новой части, потребовали реконструкции этого эпизода, и Square Enix любезно согласились, загнав Айю в душ аж два раза.

Изначально игра анонсировалась как мобильная, но уже через некоторое время разработчики передумали, представляя ее как эксклюзив для PSP. Впоследствии проект портировали еще и на Vita.

По ходу разработки сценарий игры взрослел, а повествование переписывалось, чтобы включить больше сюжетных твистов.