Бенчмарк в HD Tune

Заходи во вкладу «Health» и смотри состояние винчестера. Ещё лучше, воспользуйся Crystaldiskinfo. Походу ему кранты приходят, сделай как можно скорее резервную копию важных файлов.

ну, что с ним гипотетически может случиться за два с половиной года эксплуатации, если в корпус залазили только пыль протирать?

Как раз-таки та самая пыль, различного рода вибрации и прочее. Дело ваше, конечно, можете не принимать во внимание такие факторы, но на практике иногда случается. ;)

А чего тут толковать? Скорость доступа к диску падает в сто раз!
Меняется ли что-нибудь при переподключении диска к другому SATA разъему? (В идеале, хорошо было бы попробовать подключить его как внешний USB диск). Если на материнской плате имеется несколько контроллеров, желательно проверить его на другом контроллере. Также можно загрузиться с какого-нибудь LiveCD и проверить винт.
Как вариант — в диспетчере устройств удали SATA конроллер(ы) (Контроллеры IDE ATA-ATAPI) и перезагрузи ОС.
А то купишь новый винт, а окажется, что это SATA-контроллер у маман дуркует или драйвер чипсета гикнулся. ;)

Нормальный такой SMART. А на битые кластеры и на физическую поверхность тесты не прогоняли, может, там чего..?
Ещё был у меня как-то схожий случай с WD, там дело было в плохом шлейфе. Попробуйте заменить шлейф и/или воткнуть его в другой SATA-порт.

На бэды проверял, там тоже всё спокойно. Правда, проверка одного терабайта заняла шесть с лишним часов, не знаю много ли это или не очень.
Насчёт шлейфа… ну, что с ним гипотетически может случиться за два с половиной года эксплуатации, если в корпус залазили только пыль протирать?